倉頂除塵器可采用在線清灰兩種方法。設備的清灰系統是指在進行脈沖噴吹時，濾袋依然要進行煙氣過濾。噴吹系統_采用比較高的噴吹氣流阻擋過濾煙氣，同時用瞬間的脈沖震蕩使塵層剝落進入灰斗。在線清灰設備內部是一個大空間靜態氣室，氣流分布相對來說比較均勻，使濾料承受的過濾負荷變化不太大，這樣是為了延長濾袋使用壽命。
倉頂除塵器離線清灰系統需要把除塵器內部區分成若干個密封袋室，它的每個袋室的花板上出氣口獨立安裝關斷閥、氣缸以及電磁閥等壓縮氣控制系統。在對各個袋室進行脈沖清灰噴吹前，需要首先控制擋板使這個袋室不再進行煙氣過濾。因此，離線清灰它的機系統比較復雜，并且帶有關斷閥門，所以離線清灰除塵器的造價與維護量相對來說比在線清灰除塵器稍高。
事實上，應該根據煙氣性質和工藝要求，靈活選用在線或離線的清灰系統設計。在一些特殊工藝比如垃圾焚燒等，其煙氣性質，不容易結成餅塊，有效清灰也比較困難。采用離線清灰方法可減低“二次揚塵”，使清灰階段更加_，達到降低設備阻力的效果。
但另一方面，離線清灰除塵器完成一個袋室的清灰后，此袋室的濾袋阻力將比其他正在過濾的氣室濾袋阻力低。這時候打開關斷閥門，袋室內濾袋將承受很高的過濾負荷，導致濾料的負荷變化循環太高，這樣也會縮短濾料使用壽命。而在線清灰每次只是降低一行濾袋的阻力，除塵器內部的其他眾多數量的濾袋仍然會連續進行過濾工作，這樣對剛噴吹后的濾袋所承受的過濾負荷變化相對來說比較溫和。因此，如果除塵器的處理風量較小，內部結構不能區分為4-10個或更多的袋室數量，則不宜采用離線清灰。對于大型除塵器內部的煙氣移動速度即過濾風速一般都在1.5m/min以下，相對比較除塵器的入口濃度而言，“二次揚塵”并不是一種非常嚴重的現象。宜采用離線清灰。兩種清灰方法中，對中小型除塵器機組采用在線清灰和定時或壓差脈沖控制來_除塵器阻力更為可行。
